phpMyAdmin にログインして、データベースを見てみたら、いくつかのテーブルにオーバーヘッドが見られたんで、最適化してみた。
レンタルサーバのロリポップが、phpMyAdminのバージョンを2.5.7から2.6.0へ変更したようです。
ロリポップのサーバーでは phpMyAdmin を使用して DB がバックアップ出来るので、作業手順の覚え書きとして記しておきます。